根据我国政府推进生态文明建设的部署、2011年中央一号文件精神、国务院2010年批准的《中国生物多样性保护战略与行动计划》（2011-2030年），我中心提出了全球环境基金赠款“生物多样性保护中国水利行动项目”。项目旨在水利工作中引进国际先进的生物多样性保护理念和技术，促进生物多样性保护与水利工作紧密地结合起来，丰富水生态文明建设的实践内容，从而为保护我国珍贵的生物多样性和推动我国水生态文明建设做出贡献，同时，通过生物多样性保护工作的加强，促进我国水资源状况的进一步改善。
本项目将通过政策研究、试点示范、培训与宣传，促进在我国水利规划、水资源管理、水库大坝建设等工作中更好地考虑生物多样性保护，为推进水生态文明建设做出贡献。项目设计了三大部分内容，分别是：内容1（简称“改变框架”）旨在把生物多样性保护融入我国现在和未来的水资源管理政策、发展规划和相关法律法规中；内容2（简称“促进落实”）将通过实地活动说明，河流生物多样性保护的先进方式是实际的、可行的、有效果和有效率的；内容3（简称“改善信息”）解决河流生物多样性信息不足（包括数量不足和质量不足）的问题。
项目选择水生水生生物多样性丰富且积极支持本项目的重庆和云南两省作为试点省份。基于实地考察、资料收集与分析，项目最终确定了4个试点地区，分别是云南省普洱市的景东县和镇沅县、重庆市的巴南区和江津区，并且在4个试点区域分别选择了试点河流，项目实施期为四年。
联合国粮农组织是外方主要合作伙伴（由财政部国际司推荐），也是全球环境基金任何的国际实施机构之一，在生物多样性领域具有丰富的经验，可为本项目提供监督和技术指导。